La Universidad de Guadalajara tiene firmados más de 314 convenios de colaboración y vinculación con instituciones nacionales y 460 con instituciones extranjeras.
Los profesores del programa realizan actividades de vinculación con instituciones mediante colaboración en proyectos de investigación. Actualmente, se cuenta con vínculos de colaboración con el Centro de Investigación en Matemáticas (CIMAT), Instituto Nacional de Astrofísica, Óptica y Electrónica (INAOE), Centro de Investigación y Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional, Unidad Guadalajara (CINVESTAV-GDL), Instituto Potosino de Investigación Científica y Tecnológica (IPICyT), Instituto de Física de la Universidad de Guanajuato (IFUG), Facultad de Química de la UNAM, Centro de Investigaciones Eléctricas (CIE-UNAM), Universidad Autónoma Metropolitana (UAM-Ixtapalapa), Instituto de Materiales (UNAM) y la Universidad Politécnica de Cataluña (UPC). Con la iniciativa privada se tiene vinculación con la empresa INTEL.
Dicha colaboración ha consistido desde el préstamo de laboratorios y equipos para investigación, hasta el desarrollo de proyectos interinstitucionales por el CONACyT. Los proyectos mencionados están en proceso y se espera tener resultados en un periodo de uno a tres años.