El CUCEI cuenta con seis doctorados. Todos están inscritos en el Padrón Nacional de Posgrados de Calidad. Uno de ellos es de competencia internacional y ** dos son de reciente apertura. Lo que significa que el 95% de la matrícula de posgrado están inscritos en un programa de calidad. Los admitidos a un programa inscrito en el PNPC, pueden obtener una beca CONACyT.
División de Ciencias Básicas
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Doctorado en Ciencias en Física (Competencia Internacional) |
| Doctorado en Ciencias en Química | |
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| Doctorado en Ciencias en Matemáticas | |
| Doctorado en Microbiología y Biotecnología Molecular |
División de Ingenierías
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División de Electrónica y Computación
| Doctorado en Ciencias de la Electrónica y la Computación |