El CUCEI cuenta con seis doctorados. Todos están inscritos en el Padrón Nacional de Posgrados de Calidad. Uno de ellos es de competencia internacional y ** dos son de reciente apertura. Lo que significa que el 95% de la matrícula de posgrado están inscritos en un programa de calidad. Los admitidos a un programa inscrito en el PNPC, pueden obtener una beca CONACyT.
División de Ciencias Básicas
 |
Doctorado en Ciencias en Física (Competencia Internacional) |
| Doctorado en Ciencias en Química |
División de Ingenierías
|
|
|
|
|
División de Electrónica y Computación
| Doctorado en Ciencias de la Electrónica y la Computación |