Los programas de Maestría de CUCEI están inscritos en el Padrón Nacional de Posgrados de Calidad. Tres son de reciente creación uno en desarrollo, cinco son consolidados, y uno es de competencia internacional. Los admitidos a uno de estos programas pueden obtener una beca CONACyT.
División de Ciencias Básicas
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Maestría en Ciencias en Hidrometeorología con especialidad en Oceanografía y Meteorología Física |
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| Maestría en Ciencias en Matemáticas |
División de Ingenierías
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Maestría en Ciencias en Ingeniería Química (Competencia internacional) |
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| Maestría en Proyectos Tecnológicos |
División de Electrónica y Computación
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Maestría en Ciencias en Ingeniería Electrónica y Computación |