El estudio y enseñanza de la Matemática como tal, tiene sus inicios en Jalisco al crearse en la Universidad de Guadalajara, el 3 de Julio de 1980 la Facultad de Ciencias por acuerdo del H. Consejo General Universitario, teniendo como finalidad la formación de profesionales a nivel de Licenciatura en Matemáticas, Física y Biología. La Facultad de Ciencias responde en parte a la necesidad de dotar a la universidad de cuadros docentes debidamente preparados para hacerse cargo, con fundamento estructurado, del desarrollo de la Ciencia Básica. Otra finalidad importante de la Facultad de Ciencias, es la investigación científica, contribuyendo a la creación de nuevos conocimientos y a la vinculación de la investigación con la docencia, permitiendo que el proceso enseñanza-aprendizaje de lleve a cabo de acuerdo al método científico es decir donde los conocimientos deben ser verificados y contrastados con la realidad.
El 1 de septiembre de 1990 dicha Facultad se dividía en: Facultad de Ciencias Biológicas, cuya sede sería en el predio de las agujas; y Facultad de Ciencias Físico-Matemáticas, la cual conservaría su plantel original, ya que este contaba con espacios físicos adecuados para la investigación, biblioteca, laboratorios y equipo de cómputo. Posteriormente, en septiembre de 1993, estas instalaciones fueron ocupadas por la Preparatoria No. 12, desplazando a la Facultad de Ciencias Físico-Matemáticas a ocupar dos oficinas y un módulo de tres pisos del antiguo Centro Vocacional de Actividades Industriales.
El proceso de reforma Universitario se consolidó jurídicamente el 31 de diciembre de 1993, cuando el H. Congreso del Estado aprobó la nueva Ley Orgánica de la Universidad de Guadalajara, la cual estipula en el artículo 23 como estructura orgánica la Red Universitaria.
En el nuevo marco jurídico, el 2 de mayo de 1994 el H. Consejo General Universitario aprueba la creación del centro temático de Ciencias Exactas e Ingenierías (CUCEI), conformado por tres divisiones y doce departamentos, entre los cuales se encuentra el Departamento de Matemáticas de la División de Ciencias Básicas. El proceso de reforma y la nueva Ley Orgánica define a los departamentos, como unidades académicas básicas en donde se organizan y administran las funciones universitarias de docencia, investigación y difusión.
El H. Consejo General Universitario aprueba la modificación del Plan de Estudios de la Licenciatura en Matemáticas, a partir del Ciclo Lectivo 1994. La carrera tendrá una duración de cuatro años, divididos en doce cuatrimestres.
En la sesión del H. Consejo General Universitario de fecha 10 de agosto de 1996, con el dictamen número 1163 se aprueba modificación del Plan de estudios de la Licenciatura en Matemáticas, operada bajo el sistema de créditos, que se imparte en el Centro Universitario de Ciencias Exactas e Ingenierías, con efectos retroactivos al calendario escolar 1996 "B".
En la sesión del H. Consejo General Universitario de fecha 10 de diciembre de 2012, con el dictamen número 388 se aprueba la última modificación al plan de estudios de la Licenciatura en Matemáticas. El objetivo general de esta reforma del plan de estudios de la Licenciatura en Matemáticas es formar profesionales con una formación general en Matemáticas como disciplina científica, orientada a la preparación para el ejercicio profesional, con capacidad para aplicar los conocimientos y destrezas adquiridas en distintos ámbitos, que incluyen tanto la investigación de las Matemáticas como sus aplicaciones.