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El programa de Maestría en Ciencias en Matemáticas, del Centro Universitario de Ciencias Exactas e Ingeniería de la Universidad de Guadalajara, es un programa de tiempo completo, de modalidad escolarizada con enfoque a la investigación, y comprende áreas de formación en Matemáticas Básicas y Matemáticas Aplicadas. El programa tiene una duración de dos años, durante los cuales el alumno cursará once materias: tres de formación común, cinco optativas abiertas y tres seminarios de avance de tesis.  Finalmente, el alumno presentará y defenderá una tesis para la obtención del título.

La maestría se encuentra inscrita en el Programa Nacional de Posgrados de Calidad (PNPC) del CONACYT.