El Doctorado en Ciencias en Microbiología y la Biotecnología Molecular, tiene orientación a la investigación, con modalidad escolarizada. Ofrece una opción atractiva a los egresados de maestrías afines a la microbiología, farmacia y biotecnología molecular, para obtener un título que les permitirá incorporarse al sector productivo o académico. El programa educativo del DCMBM está centrado en el aprendizaje, y basado en competencias. Tiene como propósito formar profesionales científicos y humanistas que contribuyan a la generación del conocimiento y su aplicación innovadora en la solución de problemas locales, nacionales e internacionales. Este programa fue estructurado de acuerdo a las necesidades actuales de la industria agroalimentaria y farmacéutica, por lo que, contribuirá a dar respuesta a la carencia de investigadores dedicados a estas áreas de oportunidad, con la finalidad de proveer soluciones, innovar, desarrollando nuevos productos, mediante el uso y manipulación de microorganismos, aplicando las herramientas moleculares y de ingeniería genética.