La Maestría en Ciencias en Química, surge en el año 1995 como un posgrado profesionalizante. Hacia el año 1999, fue enfocado hacia la investigación, perfilándolo como un candidato a ingresar al entonces llamado Padrón de Excelencia del CONAHCYT, objetivo que lograron en el año 2001, iniciando así, la historia ininterrumpida de este posgrado como un merecedor de las distinciones de CONAHCYT, en sus diferentes modalidades. Esta Maestría, con un enfoque a la investigación, está dirigida a egresados de Química, Química Industrial, Químico Farmacéutico Biólogo, Ingeniería Química o carreras afines. Es un programa académico integrado directamente con el Doctorado en Ciencias en Química, y su plan de estudios, distribuido en tres áreas de formación, (Básica Particular Selectiva, Especializarte Obligatoria y Optativa Abierta), engloba unidades de aprendizaje relacionadas con las LIES de Química Inorgánica, Bioquímica, Fisicoquímica y Química de las Macromoléculas.
Todas ellas, permiten que él o la estudiante, desarrolle, junto con su director o directora, un proyecto de investigación y un documento final (Tesis) enfocado y con aplicación en áreas de salud, medioambiente, alimentación, procesos industriales, nuevos materiales, nanotecnología o desarrollos teóricos, entre otros, y que impactan en temas prioritarios descritos en el documento ““ACUERDO POR EL QUE SE ESTABLECEN LAS ÁREAS Y TEMAS DE LOS PROGRAMAS DE POSGRADO” de CONAHCYT. La Maestría en Ciencias en Química tiene en la actualidad una planta académica muy reconocida, constituida por 17 académicos del Núcleo Académico Básico inicial y 11 doctores de reciente incorporación que han llegado a fortalecer las líneas de investigación de este posgrado.
Todos poseen el reconocimiento al perfil deseable PRODEP, y el 96 % son miembros del Sistema Nacional de Investigadores; 3 con el nivel III, 7 en el SNII y 17 en el nivel I.