La Maestría en Ciencias en Procesos Biotecnológicos tiene como objetivos formar recursos humanos de alto nivel en campos relacionados con la producción, transformación y conservación de productos agroalimentarios, bioquímicos y biológicos, así como en el desarrollo de bioprocesos para mitigar del impacto ambiental que las industrias tienen en los ecosistemas. Generar tecnologías innovadoras para responder a las necesidades del país, de la región occidente y, particularmente, del Estado de Jalisco. Propiciar y promover la difusión y la divulgación de los conocimientos en el área de los procesos biotecnológicos para fortalecer la cultura científica y tecnológica regional.
La Maestría mantiene el reconocimiento del PNPC-CONACYT como programa de excelencia y su núcleo académico básico responsable del programa esta integrado por profesores de tiempo completo que pertenecen al Sistema Nacional de Investigadores (SNI) y que poseen una productividad académica reconocida y un interés científico común, en líneas de investigación consolidadas.